〇ファイル島
・ダンジョン1(1~2F)
出現デジモン/アイテム
1F ボタモン、コロモン
ニク、フロッピー
2F ボタモン、プニモン、コロモン、ツノモン
ニク、フロッピー

・ダンジョン2(1~3F)
出現デジモン/アイテム
1F ポヨモン、トコモン、ベタモン、エレキモン
ニク、フロッピー
2F ポヨモン、トコモン、ティラノモン、ヌメモン
ニク、フロッピー
3F ポヨモン、トコモン、ユキダルモン(ア)、ベジーモン(ア)、シェルモン(カ)
ニク、フロッピーALL

・ダンジョン3(1~3F)
出現デジモン/アイテム
1F ユラモン、タネモン、クネモン、ユニモン、ケンタルモン
ニク、フロッピー、プラグイン
2F ユラモン、タネモン、オーガモン、シェルモン、ドリモゲモン
ニク、フロッピー、プラグイン
3F ユラモン、タネモン、コカトリモン、レオモン、ナニモン
ニク、フロッピーALL、プラグインALL

・ダンジョン4(1~4F)
出現デジモン/アイテム
1F ユラモン、トコモン、タネモン、ドリモゲモン、モジャモン(カ)
ニク、フロッピー、プラグイン
2F ユラモン、ズルモン、タネモン、コカトリモン、レオモン、ナニモン、モジャモン(カ)
ニク、フロッピー、プラグイン
3F ズルモン、パグモン、ガジモン、ギザモン、ダークティラノモン、サイクロモン
ニク、フロッピーALL、プラグインALL
4F ズルモン、パグモン、ガジモン、ギザモン、タスクモン、フライモン、デルタモン、レアモン
BOSS:デビモン、デビドラモン、ガジモン
ハイフロッピーALL、ハイプラグインALL、リカバリFD

〇サーバー大陸
・ダンジョン1(1~3F)
出現デジモン/アイテム
1F バブモン、モチモン、ゴツモン(カ)、オタマモン、トータモン(ア)、モノクロモン
キョダイニク、ハイフロッピー、ハイプラグイン
2F バブモン、モチモン、モノクロモン、スターモン、クワガーモン、ウィザーモン(カ)
キョダイニク、ハイフロッピー、ハイプラグイン
3F バブモン、モチモン、ゴツモン(カ)、オタマモン、トータモン(ア)、モノクロモン(カ)、スターモン、
クワガーモン
キョダイニク、ハイフロッピーALL、ハイプラグインALL

・ダンジョン2(1~3F)
出現デジモン/アイテム
1F ピチモン、モチモン(ア)、プカモン、ゴツモン(カ)、オタマモン、ガニモン、シャコモン
キョダイニク、ハイフロッピー、ハイプラグイン
2F ピチモン、プカモン、ガニモン、シャコモン、ルカモン、シードラモン(ア)、シーラモン(カ)、ゲソモン
キョダイニク、ハイフロッピー、ハイプラグイン
3F BOSS1:エテモン
BOSS2:エテモン、ガニモン、ルカモン(ア)、オクタモン(カ)
リカバリFD、ネオフロッピー、ネオプラグイン

・ダンジョン3(1~4F)(左)
出現デジモン/アイテム
1F ピチモン、モチモン、プカモン、オタマモン、ガニモン、シャコモン
ミンナニク、ハイフロッピー、ハイプラグイン
2F ピチモン、プカモン、ガニモン、シャコモン、ルカモン(ア)、オクタモン(カ)
ミンナニク、ハイフロッピー、ハイプラグイン
3F モクモン、プチメラモン、バクモン、キャンドモン、ハヌモン、メラモン
ミンナニク、ハイフロッピー、ハイプラグイン
4F モクモン、プチメラモン、バクモン、キャンドモン、ウィザーモン、バケモン
ミンナニク、ハイフロッピーALL、ハイプラグインALL

・ダンジョン4(1~4F)(右)
出現デジモン
1F ピチモン、プカモン、ガニモン、シャコモン、ルカモン、シーラモン(カ)、ゲソモン、オクタモン(カ)
ミンナニク、ハイフロッピー、ハイプラグイン
2F ニョキモン、バクモン、キャンドモン、ハヌモン、メラモン、ウィザーモン、バケモン
ミンナニク、ハイフロッピー、ハイプラグイン
3F ニョキモン、ピョコモン、フローラモン、マッシュモン(ア)、キャンドモン(カ)、ハヌモン(カ)
ミンナニク、ハイフロッピー、ハイプラグイン
4F ニョキモン、ピョコモン、フローラモン、マッシュモン(ア)、ハヌモン(カ)、メラモン(カ)、
ウィザーモン(カ)、キウイモン(ア)
ミンナニク、ハイフロッピーALL、ハイプラグインALL

・ダンジョン5(1~5F)
出現デジモン
1F ピチモン、プカモン、ガニモン、シャコモン、ルカモン、シードラモン(ア)、ゲソモン、オクタモン(カ)
ミンナニク、ハイフロッピー、ハイプラグイン
2F ニョキモン、ピョコモン、バクモン、キャンドモン、ハヌモン、メラモン、ウィザーモン、バケモン
ミンナニク、ハイフロッピー、ハイプラグイン
3F チョロモン、バクモン(カ)、キャンドモン(カ)、フローラモン、トイアグモン(ア)、マッシュモン(ア)、メラモン(ア)、キウイモン(ア)、ウッドモン(カ)、レッドベジーモン(カ)
ミンナニク、ハイフロッピー、ハイプラグイン
4F チョロモン、カプリモン、トイアグモン、コクワモン、ハグルモン、リボルモン
ミンナニク、ハイフロッピーALL、ハイプラグインALL
5F チョロモン、カプリモン、トイアグモン、ハグルモン、タンクモン、クロックモン、ガードロモン、メカノリモン
BOSS:ヴァンデモン、クロックモン、コクワモン
ネオフロッピーALL、ネオプラグインALL、リカバリMO、アタックチップ

・ダンジョン6(1~5F)
出現デジモン/アイテム
1F バブモン、モチモン、ゴツモン(カ)、トータモン(ア)、モノクロモン、スターモン、エビドラモン
ネオフロッピー、ネオプラグイン、リカバリFD、アタックチップ
2F ピチモン、プカモン、ルカモン、シードラモン(ア)、シードラモン(カ)、ゲソモン、ゴリモン
ネオフロッピー、ネオプラグイン、リカバリFD、プロテクトチップ
3F モクモン、プチメラモン、ハヌモン、メラモン、ウィザーモン、バケモン、イビルモン
ネオフロッピー、ネオプラグイン、リカバリFD、スピードチップ
4F ニョキモン、ピョコモン、バケモン、キウイモン(ア)、ウッドモン(カ)、レッドベジーモン(カ)、ゴキモン
ネオフロッピー、ネオプラグイン、リカバリFD、アタックチップ
5F チョロモン、カプリモン、リボルモン、タンクモン、クロックモン、ガードロモン、ミノタルモン
ネオフロッピーALL、ネオプラグインALL、リカバリFD、プロテクトチップ

・ダンジョン7(1~5F)
出現デジモン/アイテム
1F バブモン、モチモン、ゴツモン(カ)、オタマモン、トータモン(ア)、スターモン、クワガーモン
ネオフロッピー、ネオプラグイン、リカバリFD、スピードチップ
2F ピチモン、プカモン、ガニモン、シャコモン、ルカモン、ドクグモン
ネオフロッピー、ネオプラグイン、リカバリFD、アタックチップ
3F モクモン、プチメラモン、バクモン、キャンドモン、ムシャモン
ネオフロッピー、ネオプラグイン、リカバリFD、プロテクトチップ
4F ニョキモン、ピョコモン、キャンドモン(ア)、バケモン(ア)、キウイモン(ア)、ウッドモン(カ)、レッドベジーモン(カ)、ゴーレモン
ネオフロッピー、ネオプラグイン、リカバリFD、スピードチップ
5F チョロモン、カプリモン、リボルモン、タンクモン、クロックモン、ガードロモン、スナイモン
ネオフロッピーALL、ネオプラグインALL、リカバリFD、アタックチップ

・ダンジョン8(1~6F)
出現デジモン/アイテム
1F ピチモン、プカモン、ガニモン、シャコモン、ルカモン、イガモン
ネオフロッピー、ネオプラグイン、リカバリFD、プロテクトチップ
2F モクモン、プチメラモン、バクモン、キャンドモン、シマユニモン
ネオフロッピー、ネオプラグイン、リカバリFD、スピードチップ
3F ニョキモン、ピョコモン、キャンドモン(カ)、バケモン(ア)、キウイモン(ア)、ウッドモン(カ)、レッドベジーモン(カ)、フレアリザモン
ネオフロッピー、ネオプラグイン、リカバリFD、アタックチップ
4F チョロモン、カプリモン、ペンモン、ゴブリモン、ヤンマモン
ネオフロッピー、ネオプラグイン、リカバリFD、プロテクトチップ
5F チョロモン、カプリモン、ペンモン、ゴブリモン、イガモン、シマユニモン、フレアリザモン、ヤンマモン
ネオフロッピーALL、ネオプラグインALL、リカバリFD、スピードチップ
6F イガモン、シマユニモン、フレアリザモン
BOSS:ピエモン
DXフロッピーALL、DXプラグインALL、DXプラグイン、MAXフロッピー

・ダンジョン9(1~12F)ラストダンジョン
出現デジモン/アイテム
1F ゴツモン(カ)、オタマモン、トータモン(ア)、モノクロモン、スターモン、クワガーモン
キョダイニク、DXフロッピー、リカバリMO、アタックチップ
2F ガニモン、シャコモン、スターモン、ルカモン、シードラモン(ア)、シーラモン(カ)、ゲソモン
キョダイニク、ネオフロッピーALL、リカバリMO、プロテクトチップ
3F バクモン、キャンドモン、ハヌモン、メラモン、ウィザーモン、バケモン
キョダイニク、ネオプラグインALL、リカバリMO、スピードチップ
4F バクモン(カ)、キャンドモン(カ)、フローラモン、マッシュモン(ア)、ハヌモン(カ)、メラモン、ウィザーモン(ア)、バケモン(ア)、キウイモン(ア)、ウッドモン(カ)、レッドベジーモン(カ)
キョダイニク、リカバリCD、リカバリMO、アタックチップ
5F トイアグモン、コクワモン、ハグルモン、リボルモン、タンクモン、クロックモン、ガードロモン、メカノリモン
キョダイニク、ミンナニク、リカバリMO、プロテクトチップ
6F エビドラモン、ゴリモン、イビルモン、ミノタルモン、ドクグモン、ムシャモン、 ゴーレモン、スナイモン、イガモン、シマユニモン、フレアリザモン、ヤンマモン
キョダイニク、DXフロッピー、リカバリMO、スピードチップ
7F デビモン、オーガモン
-
8F エテモン、ガジモン
-
9F ヴァンデモン、ピコデビモン
-
10F ピエモン、メラモン
-
11F キメラモン(ア)、ムゲンドラモン(カ)※仲間にできない
-
12F ミレニアモン※仲間にできない
-

〇隠しダンジョン
エンディング後に開放されるダンジョン
一部のダンジョンは条件が揃った時に開放される

・隠しダンジョンA(1~7F)
エンディング後開放。レオモンコロシアムの隣。トイアグモンがいる所。
アノードとカソードで出現モンスターが違う。
出現デジモン/アイテム
1F アノード:ボタモン、プニモン、バブモン、ピチモン、コロモン、モチモン
カソード:ベタモン、エレキモン、クネモン、キャンドモン、ピコデビモン、フローラモン
アノード:APプロテイン、ADプロテイン、リカバリCD
カソード:SAプロテイン、リカバリCD
2F アノード:プニモン、ポヨモン、ピチモン、ツノモン、モチモン、プカモン
カソード:クネモン、ガジモン、ギザモン、ピコデビモン、フローラモン
アノード:APプロテイン、ADプロテイン、リカバリCD
カソード:SAプロテイン、リカバリCD
3F アノード:ポヨモン、モクモン、ツノモン、トコモン、プカモン、プチメラモン
カソード:ガジモン、ギザモン、ゴツモン、トイアグモン、コクワモン
アノード:ADプロテイン、ASプロテイン、リカバリCD
カソード:SAプロテイン、リカバリCD
4F アノード:ユラモン、モクモン、ニョキモン、トコモン、プチメラモン、ピョコモン
カソード:ゴツモン、オタマモン、トイアグモン、コクワモン、ハグルモン、ペンモン
アノード:ADプロテイン、ASプロテイン、リカバリCD
カソード:SVプロテイン、リカバリCD
5F アノード:ユラモン、ズルモン、ニョキモン、チョロモン、タネモン、ピョコモン
カソード:オタマモン、ガニモン、シャコモン、ハグルモン、ペンモン、ゴブリモン
アノード:ASプロテイン、AVプロテイン、リカバリCD
カソード:SVプロテイン、リカバリCD
6F アノード:ボタモン、ズルモン、チョロモン、タネモン、パグモン、カプリモン
カソード:ベタモン、ガニモン、シャコモン、バクモン、ピコデビモン、ゴブリモン
アノード:ASプロテイン、AVプロテイン、リカバリCD
カソード:SVプロテイン、リカバリCD
7F アノード:ボタモン、プニモン、バブモン、コロモン、パグモン、モチモン、カプリモン
カソード:ベタモン、クネモン、ガジモン、バクモン、ピコデビモン、フローラモン
アノード:AVプロテイン、APプロテイン、リカバリCD
カソード:SVプロテイン、リカバリCD

・隠しダンジョンB(1~7F)
エンディング後開放。ファイル島ダンジョン1の右側のマップにある。
アノードとカソードで出現モンスターが違う。
出現デジモン/アイテム
1F アノード:ユラモン、エアドラモン(ア)、ユニモン、ウィザーモン、バケモン、ヤンマモン
カソード:ピチモン、オタマモン、ギザモン、ゲソモン、オクタモン、エビドラモン
アノード:PAプロテイン、PDプロテイン、DXフロッピー
カソード:SDプロテイン、ネオプラグイン
2F アノード:ユラモン、パグモン、ユニモン、デビドラモン、クワガーモン、バケモン、ヤンマモン
カソード:ピチモン、シェルモン、オタマモン、エビドラモン、ペンモン
アノード:PAプロテイン、PDプロテイン、DXフロッピー
カソード:SDプロテイン、ネオプラグイン
3F アノード:パグモン、エアドラモン(ア)、フライモン、デビドラモン、バケモン、ヤンマモン
カソード:ピチモン、プカモン、シェルモン、ゲソモン、ペンモン
アノード:PDプロテイン、PSプロテイン、DXフロッピー
カソード:SDプロテイン、ネオプラグイン
4F アノード:ユラモン、モクモン、エアドラモン(ア)、フライモン、クワガーモン、バケモン
カソード:ギザモン、プカモン、ガニモン、シャコモン、シェルモン、ゲソモン
アノード:PDプロテイン、PSプロテイン、DXフロッピー
カソード:SPプロテイン、ネオプラグイン
5F アノード:ユラモン、モクモン、プチメラモン、フライモン、デビドラモン、クワガーモン、
     ウィザーモン
カソード:ギザモン、ガニモン、シャコモン、オタマモン、ルカモン、オクタモン
アノード:PSプロテイン、PVプロテイン、DXフロッピー
カソード:SPプロテイン、ネオプラグイン
6F アノード:プチメラモン、キャンドモン、ピコデビモン、フライモン、クワガーモン、ウィザーモン
カソード:オタマモン、ルカモン、シーラモン、オクタモン、エビドラモン
アノード:PSプロテイン、PVプロテイン、DXフロッピー
カソード:SPプロテイン、ネオプラグイン
7F アノード:ユラモン、パグモン、キャンドモン、ピコデビモン、ユニモン、ウィザーモン、バケモン、
     ヤンマモン
カソード:ギザモン、オタマモン、シーラモン、ゲソモン、オクタモン、エビドラモン
アノード:PVプロテイン、PAプロテイン、DXフロッピー
カソード:SPプロテイン、ネオプラグイン

・隠しダンジョンC(1~7F)
エンディング後約20時間プレイすると開放。池の水が無くなりゲンナイの家の隣に塔が出現する。
ボスデジモンが仲間にできるようになる。
出現デジモン/アイテム
1F エビドラモン、ゴリモン、イビルモン、ミノタルモン、ドクグモン、ムシャモン、
ゴーレモン、スナイモン、イガモン、シマユニモン、フレアリザモン、ヤンマモン
VPプロテイン、リカバリHD、ミンナニク
2F デビモン、オーガモン
VPプロテイン、リカバリHD、MAXフロッピー
3F エテモン、ガジモン
VPプロテイン、リカバリHD、DXプラグイン
4F ヴァンデモン、ピコデビモン
VPプロテイン、リカバリHD
5F ピエモン、メラモン
VPプロテイン、リカバリHD、DXフロッピーALL
6F アノード:キメラモン
カソード:ムゲンドラモン
VPプロテイン、リカバリHD、DXプラグインALL
7F ミレニアモン
VPプロテイン、リカバリHD、ミンナニク

・隠しダンジョンD(1~7F)
エンディング後デジモンアナライザーの図鑑をコンプリートすると開放。
ショップエリアのある街の中心に入口が出現する。
パートナーデジモンが仲間にできるようになる。
出現デジモン/アイテム
1F ゴマモン、ピヨモン、テイルモン
VDプロテイン、リカバリHD
2F ガブモン、パルモン、ゴマモン
VDプロテイン、リカバリHD、DXプラグインALL
3F パタモン、テントモン、ピヨモン
VDプロテイン、リカバリHD、DXプラグイン
4F ガブモン、パルモン、ピヨモン
VDプロテイン、リカバリHD、DXフロッピーALL
5F アグモン、パタモン、テントモン
VDプロテイン、リカバリHD、MAXフロッピー
6F パタモン、パルモン、テントモン
VDプロテイン、リカバリHD、ミンナニク
7F アグモン、ガブモン、ゴマモン
VDプロテイン、リカバリHD