ダンジョン名 備考
ハカイされたクレバス 出現モンスター
ボタモン、コロモン、プチメラモン、クネモン、コクワモン
BOSS：クワガーモン
アイテム
フロッピー、プラグイン、ネオフロッピー、エクジットマーク、PFソニックシューズ(鍵)
パラレルデジタルワールド1 出現モンスター
BOSS：ピコデビモン、モクモン、インプモン
チンデンのクレバス 出現モンスター
プニモン、ピチモン、ポヨモン、モクモン、ズルモン、ツノモン、プカモン、パグモン、プチメラモン、ベタモン、キャンドモン、ヌメモン
BOSS：パグモン×２、デスモン
アイテム
フロッピー、ネオフロッピー、フロッピーALL、ネオフロッピーALL、プラグイン、プラグインALL、ネオプラグインALL、リカバリFD、アタックチップ、プロテクトチップ、スピードチップ、ポイズチップ、エクジットマーク、PFエボリューター(鍵)、PFスパイクシューズ(鍵)
パラレルデジタルワールド2or3(どちらか選択) 出現モンスター
2、BOSS：ガジモン、ガジモン、エテモン
3、BOSS：ゴツモン、ゴツモン、メタルグレイモンER
ブンカツのクレバス マップ左上の落とし穴から進む。一度ボスエリアまでくるとエニアックまで戻される。
2回目行くとボスと1:1でのバトル。隊列順に上からコンゴウモン・クアトルモン・ファラオモンとのバトル。
出現モンスター
ユラモン、バブモン、ミノモン、ポロモン、ニョキモン、リーフモン、ピョコモン、タネモン、クネモン、マッシュモン、フローラモン、ペンモン、スナイモン、ウッドモン、レッドベジーモン、オオクワモン、ジャガモン、ブロッサモン、ジュレイモン
BOSS：コンゴウモン、クアトルモン、ファラオモン
アイテム
ネオフロッピー、DXフロッピー、ネオフロッピーALL、ネオプラグイン、DXプラグイン、ネオプラグインALL、リカバリHD、ガードチップ、ポイズチップ、エクジットマーク、エアロブイドラモン、PFエボリューター、PFプロフェッサー(鍵)
パラレルデジタルワールド4or5or6(いずれか選択) 出現モンスター
4、BOSS：プチメラモン、プチメラモン、メラモン
5、BOSS：マッシュモン、マッシュモン、イガモン
6、BOSS：パグモン、パグモン、インダラモン
ふたつのツメのクレバス 1F右下の階段から進む。ボスとは2連戦。
 前階層での戦闘回数によって出現する敵デジモンが変化する。
出現モンスター
奇数：ユキミボタモン、ツブモン、チコモン、ウパモン、ギザモン、ゴツモン、ムシャモン、コカトリモン、ハヌモン、トータモン、ユニモン、イガモン、オオクワモン
偶数：チョロモン、ピョコモン、ポコモン、ニャロモン、オタマモン、ベタモン、エレキモン、バクモン、ゴキモン、ベジーモン、ビッグマメモン、マメモン、メタルマメモン
BOSS：ビッグマメモン、ビッグマメモン、ランプモン→ムシャモン、ムシャモン、ザンバモン
アイテム
DXフロッピー、MAXフロッピー、ネオフロッピーALL、DXフロッピーALL、DXプラグイン、MAXプラグイン、ネオプラグインALL、DXプラグインALL、リカバリFD、リカバリHD、スピードチップ、ポイズチップ、メタリックチップ、フォースチップ、エクジットマーク、サーベルレオモン、PFコントローラ(鍵)、PF-TAプラスⅡ(鍵)、PF-PAプラスⅡ(鍵)
パラレルデジタルワールド7or8or9(いずれか選択) ふたつのツメのクレバスクリア後、アノードワールドのゲートに行くとカソードワールドのゲートにつながるようになる。その後エニアックに戻るとどのゲートに行くか選択することになる。
出現モンスター
7、BOSS：レッドベジーモン、レッドベジーモン、デジタマモン
8、BOSS：ガジモン、ガジモン、キメラモン
9、BOSS：ゴツモン、ゴツモン、ゴリモン
くろいタマゴのクレバス ボスに到着するまでの時間によってボスの姿が変化する。PFソニックシューズを使ってダッシュで行くことが必要。必要に応じてスモークスクリーンを大量に持っていくこと。
 最短ルート：1F階段→2F階段→3F真ん中下階段→2F真ん中下階段→1F左下階段→2F真ん中階段→3F左上階段→4Fボス
出現モンスター
グミモン、モチモン、ツノモン、コロモン、トコモン、ガジモン、プロットモン、ロップモン、ピコデビモン(出現場所限定)、バケモン、キウイモン、デルタモン、タスクモン、モノクロモン、レオモン、ハヌモン、フライモン、サイクロモン、ティラノモン、ミノタルモン、ドリモゲモン、ケンタルモン、トリケラモン、ピッコロモン、マンモン
BOSS：
00～10分以内：デルタモン、タスクモン、ダークティラノモン
10～20分以内：デルタモン、タスクモン、スカルグレイモン
20～30分以内：デルタモン、タスクモン、Bウォーグレイモン
30分以上～　：デルタモン、タスクモン、Bウォーグレイモン(能力値高)
アイテム
DXフロッピー、MAXフロッピー、DXフロッピーALL、EXフロッピーALL、DXプラグイン、MAXプラグイン、DXプラグインALL、EXプラグインALL、リカバリFD、リカバリHD、スピードチップ、スリプチップ、カースチップ、メタリックチップ、フォースチップ、スモークスクリーン、エクジットマーク、デフラグ、サーベルレオモン、Aブリザード、PFスリープガード(鍵)、ゴールドチップ(鍵)、PFガイド(鍵)
パラレルデジタルワールド10or11or12(いずれか選択) くろいタマゴのクレバスクリア後、ゲートに行くとタッグワールドへつながっている。ゲンナイに会ったあとエニアックの場所へ向かい、ゲートを選択する。
出現モンスター
10、BOSS：ハグルモン、ハグルモン、アンドロモン
11、BOSS：シャコモン、シャコモン、メガシードラモン
12、BOSS：ガニモン、ガニモン、ドリモゲモン
ワナのクレバス 回転床をうまく操作して進むこと。灼熱エリアは移動するたびHPを削られるので注意。ボスは3体同時に倒さないと何度でも復活する。
 最短ルート：1F左上階段→2F中央右下階段→3F真右上ボス
出現モンスター
ゼリモン、レレモン、ジャリモン、ギギモン、チビモン、ペンモン、ゴツモン、トイアグモン、バケモン、スターモン、リボルモン、ウィザーモン、ナニモン、フライモン、スカモン、ゲコモン、ファントモン、マミーモン、パンプモン、エクスティラノモン、デラモン、ワルもんざえモン、エテモン、ガーベモン、キングエテモン、ピノッキモン、(灼熱エリアのみ)プチメラモン、メラモン、デスメラモン
BOSS：
エアドラモン、エアドラモン、エアドラモン
アイテム
MAXフロッピー、DXフロッピーALL、EXフロッピーALL、DXプラグイン、MAXプラグイン、DXプラグインALL、EXプラグインALL、リカバリFD、リカバリHD、スリプチップ、スピードチップ、フォースチップ、スモークスクリーン、エクジットマーク、デフラグ、サーベルレオモン、ハング＝オン＝デス、データギアⅠ、PFニクロムスーツ、PFジバクガード、PFコンゼツガード(鍵)
パラレルデジタルワールド13or14or15(いずれか選択) ワナのクレバスクリア後、ゲートに行くとD-1エリアへつながっている。その後エニアックの場所へ向かいゲートを選択する。
出現モンスター
13、BOSS：デビドラモン、デビドラモン、デビモン
14、BOSS：ピコデビモン、ピコデビモン、ヴァンデモン
15、BOSS：トイアグモン、トイアグモン、もんざえモン
タイチのクレバス(左側) 毒エリアを歩くと味方全員が毒になるので注意。
 ボスまでのルートは、1FからB1F→B1F真ん中下階段→B2F左上階段→B3F右上階段→B2F右真ん中階段→B1F右下階段→1F階段→2F真ん中階段→1Fボスエリア(ボス手前の宝箱(鍵)を取ると下へ続く階段が現れる。下にはSHOPや宿屋もある)
クリアするとエンディングまで再入場不可
出現モンスター
プカモン、ガニモン、シャコモン、ギザモン、ベタモン、シードラモン、シーラモン、エビドラモン、オクタモン、シェルモン、ゲソモン、ルカモン、アノマロカリモン、ホエーモン、マリンデビモン、ダゴモン、メガシードラモン、マリンエンジェモン、プクモン、メタルシードラモン
BOSS：
VR-オメガ、VR-アポカリ、VR-ウォーグレイ
アイテム
MAXフロッピー、DXフロッピーALL、EXフロッピーALL、MAXプラグイン、DXプラグインALL、EXプラグインALL、リカバリHD、ポイズチップ、フォースチップ、メタリックチップ、ゴールドチップ、スモークスクリーン、エクジットマーク、デフラグ、サーベルレオモン、シャドーウイング、PFコピーガード(鍵)、PFポイズガード(鍵)、PFエスケープ(鍵)、PFウィルスギア(鍵)
ダイスケのクレバス(真ん中)  すべるエリアがあるのでPFスパイクシューズ推奨。なくても行けるが、滑ってMAP進行がしづらい。
 ボスまでのルートは、1F下階段→B1F左下階段→1F上階段→2F真ん中の落とし穴→B2F左下階段→B3F真ん中のボスエリア
クリアするとエンディングまで再入場不可
出現モンスター
パグモン、ペンモン、ピコデビモン、ユキダルモン、モジャモン、オーガモン、レアモン、ドクグモン、デビドラモン、イビルモン、デビモン、バケモン、ファントモン、ベーダモン、マミーモン、スカルサタモン、レディーデビモン、ヴァンデモン、デジタマモン、スカルマンモン、デビタマモン
BOSS：
VR-Bウォーグレイ、VR-ヴェノム、VRインペリアルPM
アイテム
MAXフロッピー、DXフロッピーALL、EXフロッピーALL、DXプラグイン、MAXプラグイン、EXプラグインALL、リカバリHD、フォースチップ、メタリックチップ、スモークスクリーン、エクジットマーク、デフラグ、サーベルレオモン、ヘブンズゲート、PFスパイクシューズ、PFワクチンギアⅠ(鍵)
タカトのクレバス(右側)  漏電エリアはPFコントローラーがないとうまく移動できないので必須。
 ボスまでのルートは、1F入口階段→B1F左下下り階段→B2F右下階段→B3F真ん中階段→あとは2Fのボスエリアまで上り階段一直線。
クリアするとエンディングまで再入場不可
出現モンスター
チョロモン、カプリモン、ハグルモン、コクワモン、メカノリモン、タンクモン、ガードロモン、クロックモン、ナノモン、アンドロモン、メガドラモン、ギロモン、メタルティラノモン、メタルマメモン、メタルエテモン、イーバモン、ボルトモン、ハイアンドロモン
BOSS：
VR-セントガルゴ、VR-サクヤ、VR-デューク→VR-セントガルゴ、VR-サクヤ、VR-C.デューク
アイテム
DXフロッピー、MAXフロッピー、DXフロッピーALL、EXフロッピーALL、DXプラグイン、MAXプラグイン、DXプラグインALL、EXプラグインALL、リカバリHD、フォースチップ、メタリックチップ、スモークスクリーン、エクジットマーク、デフラグ、オーシャンラブ、スターライトEXP、ブリットハンマー、ヌメモン、サーベルレオモン、PFデリートガード、PFコントローラ－(鍵)、PFムゾクギア(鍵)
ミレニアモンのセカイ  カードを探索時間に変えて進行する。変換数値(分)。ボス戦時間は含まない。ダンジョン内ではセーブできないので十分に準備してから行くこと。漏電エリアもあるのでPFコントローラーは忘れずにつけること。
その他各種トラップエリアがあるので必要に応じてPFシリーズをつけていく。逃げる前提でエスケープをつけるのもあり。
もしくはスティンキーブレスを使用してボスまでエンカウントなしで行く方法もあり(多めに使って約13個)。ルートを覚えていればボスまでおよそ5分。
 ボスまでのルートは、1F左下階段→2F左上階段(どちらでも)→3F左下階段→4F右下階段→5F中央ボスエリア
なおボス戦はモノドラモンがPTにいて一度全滅する必要がある。いないとゲームオーバー。ズィードミレニアモンへのラストアタックはモノドラモンが行うこと
出現モンスター
ドクグモン、デビモン、デビドラモン、アルケニモン、ヴァンデモン、レディーデビモン、スカルサタモン、キメラモン、メガドラモン、メタルグレイモンER、マミーモン、ナイトモン、メタルティラノモン、アシュラモン、グリフォモン、クロスモン、ピエモン、ピノッキモン、キングエテモン、ムゲンドラモン、ハイアンドロモン、ゴッドドラモン
BOSS：
ディアボロモン、アーマゲモン、ズィードミレニアモン→ディアボロモン、アーマゲモン、ズィードミレニアモン
アイテム
MAXフロッピー、DXフロッピーALL、EXフロッピーALL、DXプラグイン、MAXプラグイン、DXプラグインALL、EXプラグインALL、リカバリHD、メタリックチップ、フォースチップ、スモークスクリーン、デフラグ、ヘブンズゲート、セブンヘブンズ、ソローブルー、ホーリーフレイム、PFペインガード
 おまけのおはなし。
ラスボスの倒し方が分からずに一生懸命倒そうとしました。
敵データ：全員攻撃のみ(ダメージ1000固定)、カウンターダメージは0、オーバーキルダメージを与えるとそのダメージは0になる。コンゼツ無効、デバフワザは命中しない。つまり倒せないんです！ちゃんちゃん
ミレニアモンのせかい(エンディング後) 出現モンスター
1F：デビモン、デビドラモン、インダラモン、レディデビモン、ヴァンデモン、キメラモン、スカルサタモン、グリフォモン、スカルマンモン
(ドクエリア限定)ドクグモン、アルケニモン
2F：コンゴウモン、クアトルモン、エアドラモン、メガドラモン、メタルグレイモンER、ザンバモン、クロスモン、ランプモン
(凍結エリア限定)ペンモン、モジャモン、ユキダルモン
3F：ダークティラノモン、スカルグレイモン、マミーモン、ピエモン、デスモン、メタルエテモン、ヴェノムヴァンデモン、ピノッキモン
(灼熱エリア限定)プチメラモン、メラモン、デスメラモン
4F：ナイトモン、アンドロモン、メタルティラノモン、Bウォーグレイモン、ムゲンドラモン、デビタマモン、ハイアンドロモン、ファラオモン
(漏電エリア限定)チョロモン、カプリモン、タンクモン
5F：アシュラモン、アポカリモン、ディアボロモン、ゴッドドラモン